Faunabeheer in relatie tot mens en biodiversiteit staat centraal in de onderzoeksgroep Faunabeheer. Schadebeheer vormt een eerste belangrijke topic. De groep zoekt, onder andere, naar beheerinstrumenten en -strategieën die toelaten de negatieve impact van inheemse én uitheemse soorten te verminderen. Een tweede belangrijke topic vormt het duurzaam gebruik van inheemse populaties: wat zijn de potenties en randvoorwaarden voor het duurzaam gebruik van deze populaties? Ook de mogelijke rol van het duurzaam gebruik in het kader van het behoud van biodiversiteit wordt onderzocht. Met de opgebouwde kennis wil de onderzoeksgroep diensten, producten en technische kennis aanleveren aan doelgroepen en overheidsinstanties die actief zijn rond faunabeheer.