De onderzoeksgroep Aquatische, Wetland en Estuariene Ecosysteemdiversiteit evalueert op basis van monitoringresultaten of vooropgestelde ecologische doelstellingen ook effectief gehaald worden en biedt een beoordelingskader om het beleid ter zake te evalueren. Daarnaast onderzoekt de groep de invloed van (veranderende) biotische, abiotische, menselijke en ruimtelijke factoren op levensgemeenschappen en systeemdynamische kenmerken om zo de nodige leidraden aan te reiken voor behoud, herstel en ontwikkeling van robuuste ecosystemen. Door ontwikkeling van dynamische modellen trachten we de invloed van ingrepen op de functionele en structurele biodiversiteit van ecosystemen in te schatten. Nu werkt de groep vooral rond mariene en estuariene ecosystemen.