De onderzoeksgroep Aquatisch Beheer doet onderzoek naar verschillende facetten van het beheer van stilstaand en stromend water. De focus ligt hierbij op habitatherstel en herstel van de longitudinale en laterale connectiviteit in beken en rivieren in functie van behoud en herstel van waterfauna en -flora. Typische onderzoeksaspecten betreffen o.a. de aanleg van natuurvriendelijke oevers, rivierherstel en de aanleg van visdoorgangen. Daarnaast wordt ook onderzoek uitgevoerd naar het herstel en de herintroductie van zeldzame, bedreigde en verdwenen vissoorten. De onderzoeksgroep zet kweekprogramma’s op en via habitatmodellering gaat ze de slaagkansen voor herintroductie na. De herstelprogramma’s worden opgevolgd en geëvalueerd..