In 2023 werd in het Vlaamse Gewest 37,9 miljoen kilogram (kg) stikstof uit dierlijke mest verwerkt of geëxporteerd. De hoeveelheid dierlijke mest die verwerkt of geëxporteerd wordt, wordt bepaald op basis van de .
Het grootste aandeel van de mestverwerkingscertificaten werd uitgereikt voor mestverwerking, goed voor in totaal 30,1 miljoen kg stikstof in 2023. Mestverwerkingsinstallaties waren goed voor een verwerkte hoeveelheid dierlijke mest van 29,7 miljoen kg stikstof of 78% van het totale aantal mestverwerkingscertificaten. Daarnaast werd 0,4 miljoen kg stikstof verwerkt door zure wassers op landbouwbedrijven (1% van het totale aantal mestverwerkingscertificaten).
Daarnaast werden in 2023 ook voor 7,9 miljoen kg stikstof mestverwerkingscertificaten toegekend aan landbouwers voor de rechtstreekse export van ruwe dierlijke mest. Dat komt overeen met 21% van het totale aantal mestverwerkingscertificaten.
De totale hoeveelheid verwerkte en geëxporteerde stikstof uit dierlijke mest nam toe van 2007 tot 2017 en bleef sindsdien min of meer stabiel. In 2022 was een duidelijke daling merkbaar bij de mestverwerking, door minder verwerking van varkensmest. In 2023 was er opnieuw een toename van de mestverwerking, vermoedelijk mede als gevolg van het wegvallen van de derogatie eind 2022. Door derogatie konden bedrijven onder strikte voorwaarden meer dierlijke mest opbrengen. Ook de natte weersomstandigheden van 2023, met moeilijkere uitrijomstandigheden van dierlijke mest, hebben er toe bijgedragen dat er meer mest verwerkt werd of in opslag ging.