De onderzoeksgroep Biotoopdiversiteit monitort en onderzoekt de biodiversiteit voornamelijk op het biotoopniveau, met aandacht voor zowel terrestrische als aquatische biotopen en speciale focus op de Natura 2000 habitats. De groep ontwerpt monitoringmeetnetten en (karteer)methoden voor het opvolgen van hun staat van instandhouding en voor de verplichte rapportages voor Europa. Behalve het ontwerpen van meetnetten, voert de groep kartering van biotopen en monitoring ook deels zelf uit. De groep staat verder in belangrijke mate in voor de wetenschappelijke ondersteuning van het Vlaamse gebiedsgerichte beleid, zeker bij de opmaak van instandhoudingsdoelstellingen voor de Speciale beschermingszones. De biologische waarderingskaart (BWK) en de Natura 2000 habitatkaart blijven daarbij een essentiële rol vervullen. Ten behoeve van een hogere efficiëntie bij het karteerwerk, onderzoekt de groep ook of nieuwe technieken, zoals remote sensing, kunnen geïmplementeerd worden.